Es kommt in der Praxis öfters vor, dass Firmen parallel zum offiziellen (handelsrechtlichen) Jahresabschluss bzw. Steuerabschluss zusätzlich einen internen Jahresabschluss nach betriebswirtschaftlichen Kriterien, d.h. ohne stille Reserven, erstellen. Der Bank kann man dann problemlos beide Abschlussversionen geben.
Für die technische Handhabung gibt es verschiedene Möglichkeiten und hängt vom Funktionsumfang des Buchhaltungsprogramms ab.
Wie Salvi schreibt ist es aber sehr ratsam, beide Abschlüsse inkl. den Überleitung an die Bank zu geben. Das du zwei verschiedene Abschlüsse hast, ist ab einer gewissen Firmengrösse ganz normal. Da wird ein Steuerabschluss erstellt und zugleich einer z.B. nach Swiss Gaap FER.
Aber eben, es ist zu empfehlen, transparent gegenüber der Bank zu sein. Sonst könnte sich das in einem Vertrauensverlust rächen.