Das ist nicht schlimm, das ist schlicht falsch. Bei einer Prüfung durch die ESTV kann das als versuchter Steuerbetrug ausgelegt werden.
Ich würde das schnellstens korrigieren.
Vorsteuer kannst du nur dann abziehen, wenn der entsprechende Beleg eine MwSt-Nummer hat.
Ich gehe mal davon aus, dass Du MwSt nach effektiver Methode buchst.
In der Schweiz gibt es dafür eigens ein Korrekturformular der Steuerverwaltung. Ich musste es auch schon verwenden. Zudem gibt es die sogenannte Jahresabstimmung, mit welcher man bis 240 Tage nach Rechnungsabschluss die Angelegenheit noch korrigieren kann. Diese sind einfach auszufüllen. Vielleicht gibt es die beiden Formulare auch in Deutschland. Der Steuerberater kennt sie sicherlich auch.